Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone

È il primo di quattro film che compongono la tetralogia Rebuild of Evangelion basata sulla serie originale dell'anime Neon Genesis Evangelion. Il film successivo sarà Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance.
La trama è in larga parte un adattamento punto per punto della serie originale di Neon Genesis Evangelion dall'episodio 1 al 6. Mentre alcuni eventi sono presentati esattamente nello stesso modo, a volte con la stessa angolazione della camera, alcuni eventi si svolgono in maniera differente. Shinji Ikari arriva a Neo-Tokyo 3, mandato dal padre Gendo Ikari. Mentre si aggira per la città, si ritrova tra il fuoco incrociato dell'esercito delle Nazioni Unite e il quarto Angelo (terzo nella serie originale), Sachiel. Soccorso dal capitano Misato Katsuragi, Shinji viene portato al quartier generale della NERV e viene costretto dal padre Gendo, che è riuscito a diventare comandante supremo della NERV, a pilotare l'Unità EVA 01 contro Sachiel, poiché la sua prima pilota, la misteriosa Rei Ayanami, è troppo ferita per farlo. Dopo il combattimento iniziale, Shinji viene accolto da Misato come il suo nuovo coinquilino e iscritto alla scuola media. Il film ritrae i tentativi di Shinji di inserirsi nella nuova vita insieme a Misato, Rei e gli altri personaggi mentre continua a difendere Neo-Tokyo 3 e il mondo dagli Angeli come nuovo pilota dell'Unità 01. Appare un altro Angelo, e Rei e Shinji devono prelevare l'energia dell'intero Giappone per avere la minima possibilità di affrontarlo.